1、裝置

在使用生物顯微鏡時，要根據使用要求，選用恰當的放大倍數。生物顯微鏡的總放大倍數為：物鏡放大倍數乘上目鏡放大倍數。

將生物顯微鏡各擴大倍率的物鏡按次序裝在轉換器上，在物鏡裝置前要將物鏡的螺紋相觸摸端面以及轉換器的螺孔進行清潔處理，不允許有任何灰塵存在，不然會裝置不良而影響光學系統和成像質量。接著將目鏡插入目鏡筒中。將所要觀察的標本切片放置在工作臺面上并用壓片夾把標本切片壓齊。

2、照明

在使用生物顯微鏡觀察標本切片時，需要有一定的照明，其照明的光源有自然光源和人工光源兩種，不管用哪種光源，為使在觀察時能得到清晰的物象，其亮度要適中。要得到適中的亮度，要從幾個方面進行調整：一方面要選用平面的或凹面的反光鏡，一起滾動反光鏡的位置而得到不同的亮度。

當光線比較暗時，可使用凹面反光鏡以使光線進行會聚而提高亮度。當光線比較強時，則使用平面反光鏡，這時反光鏡使光線轉向效果降低亮度。注意切勿將太陽光直射反光鏡，以免使人感覺目眩，然后影響觀察。如有聚光鏡的生物顯微鏡則可將聚光鏡作上下移動使其亮度適中，別的也能夠改變可變光闌的孔徑以達到適中的亮度。假如光線太暗時，則可將聚光鏡恰當上升，使可變光闌的孔徑恰當擴大。假如光線太強時，則可將聚光鏡恰當下降，使可變光闌的孔徑恰當減小。

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