透射式熒光顯(xian)微鏡：激發光源是通過聚光鏡穿過標本材料來激發熒光的。常用暗視野集光器，也可用普通集光器，調節反光鏡使激發光轉射和旁射到標本上．這是比較舊式的熒光顯微鏡。其優點是低倍鏡時熒光強，而缺點是隨放大倍數增加其熒光減弱．所以對觀察較大的標本材料較好。

落射(she)式熒光顯微(wei)鏡：這是近代發展起來的新式熒光顯(xian)微(wei)鏡，與上不同處是激發光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45度角，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片／雙色束分離器／阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。此種熒光顯微鏡的優點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數愈大熒光愈強。

透射熒(ying)光(guang)顯微鏡(jing)的優點及缺點

光(guang)源：高壓(ya)汞燈或鹵素燈。

聚光(guang)鏡：使(shi)用暗場聚光(guang)鏡，使(shi)激發光(guang)和熒光(guang)分(fen)離(li)出(chu)來。

物鏡：可(ke)用任何種類(lei)的物鏡。

標本：因(yin)為是(shi)透射觀察，薄的標本比較適合。

優點：①由于用了暗場聚光鏡，激發光不能進入物鏡，因此容易形成暗的背景，得到良好的反差，且任何物鏡都可用于觀察。②用低倍物鏡時，比反射熒光顯微鏡更亮。

缺點：要正確調整聚光鏡中(zhong)心和高度，否則不(bu)(bu)(bu)能(neng)獲得(de)明(ming)亮的(de)熒(ying)光像。由于暗視(shi)(shi)場聚光鏡焦(jiao)距限制，不(bu)(bu)(bu)能(neng)使用厚(hou)的(de)載(zai)玻片。視(shi)(shi)場照明(ming)區不(bu)(bu)(bu)能(neng)過大，否則容易使熒(ying)光標(biao)本熒(ying)光色衰褪。厚(hou)的(de)或(huo)不(bu)(bu)(bu)透明(ming)的(de)標(biao)本不(bu)(bu)(bu)適用。

反射熒(ying)光顯微鏡的優點及缺點
光源：高壓汞燈或鹵素燈。

聚(ju)(ju)(ju)光(guang)鏡：因為物鏡作(zuo)為聚(ju)(ju)(ju)光(guang)鏡，所以不需要聚(ju)(ju)(ju)光(guang)鏡。

物鏡：所用物鏡要能透(tou)過(guo)足夠的紫(zi)外光，而且本(ben)身不產生熒光，對數值孔徑(jing)沒有限(xian)制(zhi)。

標(biao)(biao)本：厚的(de)標(biao)(biao)本或不透(tou)明的(de)標(biao)(biao)本都能觀察。

優點：①由于物鏡(jing)(jing)兼作聚(ju)光鏡(jing)(jing)，不需要很(hen)多調節。②采用柯(ke)拉(la)照明法，可(ke)(ke)利用孔(kong)(kong)徑(jing)光闌(lan)和(he)(he)視場光闌(lan)的(de)效果。③物鏡(jing)(jing)數值孔(kong)(kong)徑(jing)不受限制，在(zai)高放(fang)大倍率時(shi)，也(ye)可(ke)(ke)以獲得高分辨率的(de)像。④厚的(de)或不透(tou)明的(de)標本也(ye)能(neng)觀(guan)察(cha)(cha)，厚的(de)蓋玻片也(ye)能(neng)使用。⑤其它觀(guan)察(cha)(cha)法也(ye)能(neng)與反射熒光結合(he)使用，特別和(he)(he)相(xiang)差(cha)法和(he)(he)透(tou)射微分干(gan)涉差(cha)法相(xiang)結合(he)。⑥可(ke)(ke)以避免不必要的(de)熒光色(se)衰褪現(xian)象。

缺點(dian)：在用(yong)地倍率物鏡(jing)時，像比較暗，因此要(yao)用(yong)大數值(zhi)孔徑的物鏡(jing)。濾光鏡(jing)系統要(yao)有(you)效地分(fen)離開(kai)激發光和熒光。