熒光顯微鏡采(cai)(cai)用(yong)透射激發時，可(ke)以使用(yong)蘭色(se)(se)光(guang)(guang)線(xian)根據普(pu)通明(ming)場(chang)照明(ming)法(fa)進(jin)行照明(ming)系統的(de)調(diao)節(jie)，這包括光(guang)(guang)源調(diao)節(jie)及(ji)聚光(guang)(guang)鏡中(zhong)心的(de)調(diao)節(jie)。如果采(cai)(cai)用(yong)暗場(chang)聚光(guang)(guang)鏡，則還需要(yao)(yao)注意暗場(chang)聚光(guang)(guang)鏡的(de)使用(yong)及(ji)調(diao)節(jie)方(fang)(fang)法(fa)，當用(yong)蘭色(se)(se)光(guang)(guang)線(xian)調(diao)節(jie)好(hao)后(hou)，就可(ke)采(cai)(cai)用(yong)更換濾色(se)(se)片的(de)方(fang)(fang)法(fa)，使標(biao)本(ben)得到所需要(yao)(yao)的(de)激發光(guang)(guang)線(xian)照射標(biao)本(ben)，但要(yao)(yao)注意使遏止(zhi)濾光(guang)(guang)片已在光(guang)(guang)路中(zhong)，這樣可(ke)以保護觀察者眼睛免受紫外線(xian)損傷。

熒光(guang)顯微鏡采(cai)用(yong)反(fan)射激(ji)發(fa)時(shi)，先在光(guang)(guang)路中(zhong)加入(ru)綠色激(ji)發(fa)濾光(guang)(guang)片組，把照(zhao)明(ming)可變孔(kong)徑光(guang)(guang)闌(lan)與視(shi)場光(guang)(guang)闌(lan)完(wan)全(quan)打開，調節光(guang)(guang)源位(wei)置(zhi)，使照(zhao)明(ming)光(guang)(guang)束通過物(wu)鏡(jing)(jing)轉(zhuan)換器的(de)螺(luo)孔(kong)中(zhong)央并使光(guang)(guang)源成象于物(wu)平(ping)面上(shang)，此時(shi)物(wu)鏡(jing)(jing)螺(luo)孔(kong)應是通孔(kong)（不裝物(wu)鏡(jing)(jing)）。檢查激(ji)發(fa)光(guang)(guang)束是否(fou)通過物(wu)鏡(jing)(jing)螺(luo)孔(kong)中(zhong)央，可在螺(luo)孔(kong)端面上(shang)放(fang)置(zhi)半透明(ming)紙觀察光(guang)(guang)源光(guang)(guang)斑是否(fou)居中(zhong)，在某(mou)些顯(xian)微鏡(jing)(jing)中(zhong)，光(guang)(guang)源是在垂(chui)直(zhi)面內調節其上(shang)下左(zuo)右位(wei)置(zhi)，而(er)光(guang)(guang)源成象是通過集光(guang)(guang)鏡(jing)(jing)沿(yan)軸方(fang)向移動來達到的(de)。

熒光(guang)顯微鏡在安裝光源時要(yao)注(zhu)意光源表(biao)面不(bu)能沾污(wu)手指印(yin)及其(qi)他斑(ban)痕(hen)，以免點燃過后，難(nan)以清潔(jie)，因此，新(xin)安裝光源時，使(shi)(shi)用前燈(deng)殼(ke)表(biao)面可用紗布蘸上(shang)酒精等有機溶劑揩檫干凈，此外(wai)，還(huan)需要(yao)注(zhu)意電極方(fang)向，根(gen)(gen)據(ju)光源要(yao)求(qiu)進行(xing)安裝，以免發生意外(wai)或(huo)點燃不(bu)亮，燈(deng)管應裝入(ru)燈(deng)箱(xiang)內方(fang)可點燃，以防萬一(yi)爆炸傷(shang)人。激(ji)發濾(lv)光片(pian)及遏(e)止(zhi)濾(lv)光片(pian)如(ru)何(he)組合(he)使(shi)(shi)用應根(gen)(gen)據(ju)不(bu)同熒光標本的(de)激(ji)發方(fang)法進行(xing)選(xuan)擇，一(yi)般也可根(gen)(gen)據(ju)使(shi)(shi)用說(shuo)明書推薦(jian)的(de)配套方(fang)法進行(xing)選(xuan)用。